马尔基尼奥斯

哥连泰斯

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2002年，马昆奴斯8岁时加入哥连泰斯[7]。2012年1月29日，在赢得洲际青年杯后，他于巴西圣保罗州联赛对阵利伦斯的比赛中，被列入一线队的大军名单[8]，但并没有上阵，最终球队以1比0小胜对手[9]。2月18日，他在对阵圣卡坦奴的比赛中首次代表一线队上阵，并打满全场，协助球队以1比0胜出[10]。全季，马昆奴斯为球队上阵8场比赛，哥连泰斯最终排行联赛榜首，但于季后赛八强阶段被邦迪比达淘汰[11]。

于洲联赛赛季结束后，马昆奴斯在2012年5月20日首次代表球队于巴西足球甲级联赛上阵，对手为富明尼斯，他打满全场比赛，最终球队作客以0比1落败。双方球队皆因南美解放者杯的赛程频密，而于联赛首战收起部份主力[12]。全个赛季，马昆奴斯于巴西足球甲级联赛上阵6次[2]，而于2012年南美自由杯决赛对阵博卡的比赛中，马昆奴斯只任后备，并没有上阵[13]。

罗马

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2012年7月，马昆奴斯转会至意大利甲组足球联赛球队罗马，转会费为150万欧元，当他为罗马上阵8场45分钟或以上的比赛后，其转会费增加至300万欧元[14]。效力罗马时期，为免和队友马昆奴（英语：Marquinho (footballer, born 1986)）的名字混淆，马昆奴斯球衣上印上的名字为“Marcos”[15]。

9月16日，马昆奴斯在联赛对阵博洛尼亚时首次代表球队上阵，时任领队斯德尼克·斯文（英语：Zdeněk Zeman）于比赛最后15分钟派遣他上阵，后备入替伊云·皮利斯，但球队最终主场仍以2比3落败[16]。10月时，斯文决定以马昆奴斯和莱昂德罗·卡斯坦的组合出任正选中坚，把原来的正选尼古拉斯·布尔迪索放至后备[17]。12月22日，他在对阵AC米兰的比赛中，因破坏斯蒂凡·艾尔·沙拉维明显的入球得分机会，被球证直接出示红牌驱逐离场[18]。

效力罗马期间，马昆奴斯在意甲联赛上阵26场比赛，在意大利杯则上阵4场比赛[2]，包括在5月26日以0比1不敌死敌拉素的决赛，在该场比赛，马昆奴斯出任球队的右闸[19]。

巴黎圣日耳曼

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2013年7月19日，马昆奴斯以3,145万欧元的转会费与法甲球队巴黎圣日耳曼签下一份为期五年的合约。